Kekkei Genkai (????, dt. etwa Blutvererbungsbegrenzung) sind clanintern vererbte Fähigkeiten, was bedeutet, dass kein Außenstehender sie kopieren oder erlernen kann, da der genetische Code dieser Fähigkeiten nur vererbt wird. Die einzige bisher bekannte Ausnahme bildet Kakashi Hatake, welcher bei einer Mission sein linkes Auge verlor. Als Geschenk zu seiner Beförderung zum Jonin erhielt er dann das linke Auge mit dem Kekkei Genkai der Uchiha-Familie, dem Sharingan, von seinem Jugendfreund Obito Uchiha, als dieser während der Mission unter einem Felsen verstarb.

Kekkei Genkai werden immer dominant weitergegeben, da jedes Mitglied einer jeden Generation das clanspezifische Kekkei Genkai besitzt. Man weiß nicht, wie Kekkei Genkai entstehen. Es haben außerdem nicht alle Clans ein claneigenes Kekkei Genkai.

Die Bedeutung der Kekkei Genkai früher

Zur Zeit der großen Bürgerkriege, welche stark im Reich des Wassers stattfanden, wurden Shinobi mit Kekkei Genkai eingesetzt, um den jeweiligen Parteien einen Vorteil im Kampf zu verschaffen. Dadurch erhielten sie einen schlechten Ruf als Unheilbringer und wurden wegen ihrer zum Teil abnormalen Fähigkeiten für Monster gehalten, was die "normalen" Menschen dazu veranlasste, Menschen mit Kekkei Genkai zu jagen und zu töten. In der heutigen Zeit hat sich die Einstellung gegenüber den Menschen mit Kekkei Genkai zwar zum Positiven geändert, allerdings werden sie in einzelnen Landstrichen immer noch gejagt und getötet.

Alle bisher bekannten Kekkei Genkai

Aussehen	Name	Jutsu-Art	Name des Clans	Bekannte Besitzer
	Sharingan	Dojutsu	Uchiha-Clan	Sasuke, Itachi, Kakashi, Obito, Fugaku
	Mangekyo Sharingan	Dojutsu	Uchiha-Clan	Itachi, Kakashi
	Byakugan	Dojutsu	Hyuga-Clan	Hanabi, Hiashi, Hinata, Hizashi, Neji
	Name unbekannt	Dojutsu	Clan unbekannt	Ranmaru
	Hyoton	Element-Verbindung Suiton und Futon	Hakus Clan	Haku, Hakus Mutter
	Mokuton	Element-Verbindung Doton und Suiton	Senju-Clan	Erster Hokage, Yamato
	Shikotsumyaku	Ist unbekannt	Kaguya-Clan	Kimimaro
	Soma no Kuo	Ist unbekannt	Kein Clan bekannt	Sakon und Ukon